克莱因一行人在逃亡者的嘴里知道了罗林镇的覆灭，更加坚定要调查的心。于是一行人离开加里敦城前往罗林镇。

　　 在罗林镇的废墟上，一行人受到了魔兽的袭击，并且在反击魔兽中，一行人发现了低级魔兽居然有了思维(灵智)，就在此时，他们听到了天空中清晰的碎裂声——

　　 元素空间柱在众人的眼中碎裂，倒塌，消失于尘埃中——随之而来的则是天空岛开始缓缓出现在众人的眼中，下降，坠落。大量的魔法元素也随着天空岛而回归伊斯兰大陆。

　　 魔法元素的降临也代表着魔也降临到了大陆，大量的魔席卷大陆，莉莉丝自动进入保护模式，保护众人免受魔的侵害，事后晕厥。

　　 薇薇安收到鲁多夫院长的通知，众人立即赶往天空岛坠落的地方，发现自己的家族已经毁去，只剩下废墟，家族成员也在和魔王的对战中死伤惨重，而最终魔王不知去向。

　　 鲁多夫建议阿米亚带着剩余的家族成员去莱恩学院暂住，然后再想如何重建家族。阿米亚也同意了这个建议，决定次日出发。

　　 当晚，莉莉丝带克莱因去家族废墟处怀念家族曾经的辉煌，结果却遇到了被魔化的艾丽娅，两人苦战，最后艾丽娅因为被莉莉丝的保护模式清除了魔而清醒过来，但是因为长期被魔折磨，艾丽娅已经很虚弱，对莉莉丝说出“混沌之海”四个字以后就死去，莉莉丝觉得只有到了混沌之海才能知道真相，于是众人决定前往混沌之海。

　　 沃尔夫知道了莉莉丝一行人的去向后告诉了时间神，于是时间神尾随着一行人，一路截杀他们，一行人在一番波折后终于到达了混沌之海的海边，莉莉丝却突然发生异变，有个灵魂控制着莉莉丝的身体带他们寻找到了水神的尸体所在的空间，在那个空间里，灵魂是可以出现在众人面前的，而控制莉莉丝身体的灵魂则出现在众人面前，居然是魔王的灵魂，只不过是心存善念的一部分魔王灵魂。

　　 然后善良的魔王灵魂告诉了众人一个关于他是如何变成魔王的故事，之后依附在莉莉丝身上的双子灵魂也出现在众人面前，告诉了众人关于时间神背叛的故事，而双子则是被时间神打败，灵魂封印起来，但是他们也不明白为什么最后他们醒来后是在莉莉丝的身体里。莉莉丝相信只有到了混沌海中心才能知道所有的真相。

　　 众人在准备离开时遇到了水神尸体的守护人，守护人告诉了莉莉丝一个故事，关于他恋人的故事，希望莉莉丝如果遇见他的恋人，能帮他转达一句话。莉莉丝觉得这个故事中的人似乎就是阿米娅。

　　 众人继续前进，终于到达混沌之海中心的一个小岛上。在那个岛上的一个洞穴里，众人看见了一堆石头，而莉莉丝觉得一切都很熟悉，而自己似乎就是这些石头中的一员。

　　 就在此时，时间神突然出现，于是大战，但是现在的众人都太弱小，没有一个人可以杀死神。

　　 就在时间神要杀死莉莉丝的时候，石头堆发生了异变，一个密闭的空间把时间神和莉莉丝包裹在内，众人都没有看见发生了什么事情，但是让密闭空间再次开启后，时间神已经死去，而莉莉丝却沉默了。

　　 密闭空间里，主神的灵魂从石头堆中出现，附身在莉莉丝身上，杀死了时间神。但是主神也告诉了莉莉丝，所谓的真相到底是什么。

　　

　　 亚特兰家族的艾丽娅年轻时因向往自由而离家出走，一直在伊斯兰大陆游走，直到在混沌之海附近的岛屿上认识了自己的恋人，才住在了那个岛上。

　　 某个晚上的艾丽娅突然看见天空上划过的几道光芒冲进了混沌之海，于是因为好奇而悄悄来到光芒的坠入处，却不料意外听见了时间神和黑白双子的谈话。知道了关于魔王拉鲁戈的封印会被解除和时间神的背叛，看见了神之间的战斗，时间神最后把黑白双子封印在了混沌之海深处的一个石卵里。

　　 艾丽娅想偷出石卵，但是因为时间神一直守在那里而无法下手。几日后时间神离去，艾丽娅偷出了石卵，而后告诉了恋人关于自己所看见的事情，却不知道，其实她的恋人也是魔王的手下，是被魔王派遣在混沌之海守护着一样东西的。恋人拒绝了和艾丽娅一同离开的要求，而是让艾丽娅快点逃离，逃得越远越好，因为时间神会很快就会发现石卵被人偷走。艾丽娅想到了自己的家族，说不定自己的家族能保护这个石卵，于是艾丽娅带着石卵回到了天空岛。

　　 回天空岛的空间通道是时间神所创造的，所以时间神知道艾丽娅的位置后派出人截杀艾丽娅，艾丽娅到达天空岛不久后就开始了逃亡。不知道为什么，当石卵到达天空岛后突然开始有了生命迹象，在逃亡的路上突然破裂，诞生出了一个婴儿。艾丽娅最后在层层追杀下终于回到了家族，但是只来得及把婴儿托付给阿米亚后就魔化的艾丽娅用最后的意志请求阿米亚把自己封印起来。无论怎么都找不到艾丽娅的时间神只能放弃。

　　 石卵诞生的婴儿在亚特兰家族成长成了少女莉莉丝，阿米亚对外宣称莉莉丝是自己的小女儿，整个家族只有薇薇安和阿米亚两个人知道，莉莉丝其实不是阿米亚的亲生女儿。莉莉丝从小就展现出对魔法元素的强大感应，使得阿米亚渐渐忘记了这个少女的来历，把少女送到沃尔夫导师那里学习魔法。

　　 最初时候，沃尔夫只是觉得少女天生就是为了魔法而出生的，但是当12岁后，莉莉丝停止了发育，沃尔夫在无意间检查少女身体的时候发现了少女体内的时间封印。汇报给时间神后，时间神想到了少女就是当初那个石卵，不过因为自己的封印还存在着，认为少女也只是普通的少女而已，黑白双子是被封印在她体内。但是对于少女的魔法天赋有点忌惮，因为害怕少女以后魔法太过强大而影响到魔王的复苏，时间神让沃尔夫有机会就毁去少女的魔女之身，让少女的魔力停固在某一时期。

　　 沃尔夫一直无从下手，一直到莉莉丝因为薇薇安的事情而被流放，沃尔夫故意放出消息让隆巴顿家族的人派出一个长老陷害莉莉丝失去魔女之身。

　　 至此，时间神对莉莉丝的忌惮全无，她相信自己的时间封印不会被解除，而失去魔女之身，魔力永远固定的少女对自己没有任何的威胁，于是她渐渐忘记了莉莉丝的存在。

　　 但是没有想到因为米切尔的改造，莉莉丝再次获得了魔法，甚至因为魔的出现，触发了体内的保护模式启动，双子灵魂附身。

　　

　　 莉莉丝告诉众人，魔王虽然解封，但是力量还没有恢复，希望众人回去后能寻找魔王的踪迹，通知大陆各个王国做好准备，抵御魔的侵入。而她要留在岛上，在岛上她的能力会成长更快，克莱因决定陪莉莉丝留下来。

　　

　　 至此，第二卷交代结束。

　　

　　 一年后，在混沌海中心的岛上，莉莉丝一直不肯回大陆，但是克莱因却觉得自己的国家需要自己，于是两人产生分歧。最终莉莉丝在思想斗争后同意和克莱因一起回去。

　　 米切尔等人帮助波鲁曼王国加强了魔法防御，世界各地的魔法师都不同成都的晋级，但是随之而来的就是被魔侵入的人也开始增多，大陆的格局开始改变。

　　 大量的魔化的魔兽开始攻城，被魔化的人也加入到了魔王大军中，于是大家开始除了和魔兽战斗，还要和人战斗。没有被魔化的国家开始了联盟，共同抵御被魔王大军。

　　 至此，魔王之战拉开序幕。

　　 第三卷其实就是莉莉丝他们和魔王之间的战斗。因为莉莉丝在离开混沌海就已经知道自己所要面对的命运，于是一直逃避，回大陆的一系列战斗也是莉莉丝和自己心的战斗，最终以牺牲自己来拯救大家。